במקרים רבים מפקיעות הרשויות קרקעות ובעלי הקרקע נאלצים לקבל את רוע הגזירה. אם טורחים בעלי הקרקע לטעון כנגד ההפקעה נוגעת לרוב הטענה המרכזית לגובה הפיצוי. שני הצדדים גם יחד מקבלים בדרך-כלל, כמעט כמובן מאליו, את ההנחה שלפיצוי לא נדרשת הרשות להוסיף את מרכיב המע"מ. בפסק-דין תקדימי[1] קבע בית-המשפט כי על הרשות להוסיף לפיצוי גם רכיב זה. משמעות הדבר היא למעשה הגדלת הפיצוי ב-15.5%.
המחלוקת העיקרית שבין הרשות המפקיעה לבעלי הקרקע המופקעת נסובה, באותו הליך, סביב השאלה האם יחושב הפיצוי שמגיע לבעל הקרקע לפי שווי הקרקע בתוספת מע"מ או ללא תוספת מע"מ.
נקבע כי
"הפקעה של מקרקעין מבעלי נכסים על ידי הרשות היא במהותה אילוץ של בעלי הקרקע למכור את הנכס לרשות המפקיעה. זוהי למעשה 'מכירה מאונס', כאשר האזרח אינו יכול להתנגד להפקעה, במלים אחרות אינו יכול להתנגד למכור את הקרקע לרשות המפקיעה. זכותו היחידה של האזרח היא לקבל את המחיר הראוי וההוגן עבור הקרקע שהופקעה ממנו. הלכה פסוקה היא כי הפיצוי שזכאי אזרח לקבל בגין ההפקעה נקבע על פי שווי המקרקעין בשוק חופשי"
לעניין זה קובעת לשון החוק[2] כי
"יקובל כשוויה של הקרקע, אותו הסכום שהיה מתקבל ממכירת הקרקע אילו נמכרה בשוק ע"י המוכר מרצונו הטוב: בתנאי שבבוא בית המשפט להעריך פיצויים אלה, יעריכם לפי השווי שימצאנו כשוויה של הקרקע..."
בענייננו נקבע כי בית-המשפט בוחן מהו מחיר הקרקע בעסקה שבין מוכר לקונה מרצון. אמת המידה היא מידת ההיצע והביקוש למקרקעין. מדובר במבחן אובייקטיבי[3] שלא מביא בחשבון היבטים סובייקטיביים של העלאה והפחתה בשווי. בתי-המשפט קבעו[4] כי מטרת הפיצויים היא
"להעמיד את בעל הזכות או טובת ההנאה במקרקעין, שהופקעה, באותו מצב כספי שבו היה עומד אלמלא ההפקעה, כך שבכספי הפיצויים שיקבל מהרשות המפקיעה יוכל לשוב ולרכוש זכות דומה לזו שהופקעה מידיו"
לשאלה מה מחיר הקרקע, דהיינו כמה ישלם הקונה אם ירצה לקנות קרקע זו מחדש השיב בית-המשפט בענייננו כי אין ספק שהמחיר הוא שווי הקרקע בתוספת מע"מ מאחר וזה המחיר שיידרש קונה מרצון לשלם למוכר מרצון.
בעניין זה נכתב[5] על-ידי המלומד פרופ' נמדר כי
"גם לעניין הפקעה יש לעסקת אקראי נפקות. יש לזכור כי הרשות המפקיעה הינה מלכ"ר (מוסד ללא כוונת רווח – ת.ר.) כך שהפקעה מאדם פרטי וכן הפקעה ממלכ"ר או מוסד כספי תחויב במע"מ כעסקת אקראי...".
לגבי הפקעה מאדם פרטי קובע החוק[6] כי שר האוצר מוסמך לקבוע כי בעסקאות מקרקעין מסוימות המס יוטל על הקונה. שר האוצר השתמש בסמכותו זו וקבע[7] במפורש כי בעסקאות אקראי במקרקעין המס מוטל על הקונה. כאשר הקונה הוא מוסד כספי או מלכ"ר קיימת לגביו חבות במס והוא יצטרך לדווח על העסקה בטופס עסקת אקראי ולשלם את המס עליה.
נקבע כי בשעת הפקעה יש לפצות את בעל הקרקע על פי שווי הקרקע ביום הקובע בתוספת הפרשי הצמדה, ריבית כחוק ומע"מ על מלוא הסכום.
"אין כל הצדקה לקפח את בעל הקרקע ולחייבו לשלם את המע"מ מכיסו שהרי אם ירצה לשוב ולרכוש קרקע דומה יחויב כמובן לשלם את המע"מ מכיסו, ובכך ישנה את מצבו לרעה"
באותו מקרה חויבה הרשות לשלם לתובע (בעל הקרקע) הוצאות משפט וכן שכר טרחת עו"ד בסך של כ-340,000₪(!) בתוספת מע"מ

[1] ת.א. 464/96 (מחוזי-ת"א) טחורש ואח' נ' עיריית ראשל"צ, פסק-דינה של כב' השופטת לבהר שרון מיום 17/8/03
[2] סעיף 12 (ב) לפקודת הקרקעות (רכישה לצרכי ציבור, 1943
[3] ע"א 6826/93 הועדה המקומית לתכנון ובנייה כפר סבא ואח' נ' חייט ואח', נא(2) 286
[4] ע"א 589/87 משרד השיכון ואח' נ' בירנבוים ואח', פ"ד מט(1), 625
[5] פרופ' נמדר, "מיסוי הפקעת מקרקעין", חושן למשפט, תל אביב תשנ"ט-1999, עמ' 235
[6] בסעיף 21 לפקודת הקרקעות (רכישה לצרכי ציבור), 1943
[7] תקנות מס ערך מוסף, תשל"ו–1976